Peter Pantzer wuchs in Salzburg auf und studierte Neuere Geschichte in Wien und Tokio.Nach der Rückkehr aus Japan trat er in das Institut für Japanologie an der Wiener Universität als Assistent und Lektor ein. Seit 1994 ist Pantzer Professor für Japanologie an der Universität Wien und seit 2002 Ehrenvorsitzender der Deutsch-Japanischen Gesellschaft Bonn e.V.