Ingo Eser besuchte das Mainzer Polonicum und studierte in Marburg Osteuropäische Geschichte. Nach einem Gastsemester in Wroclaw und dem Abschluss des Magisters arbeitete er von 1997 bis 1999 in einem polnisch-deutschen Forschungsprojekt mit, das sich mit der Geschichte von Flucht, Vertreibung und Aussiedlung nach 1945 auseinandersetzte. Als Doktorand war er Stipendiat am Berliner Zentrum für Vergleichende Geschichte Europas und promovierte 2007 in Marburg mit einer Dissertation über die deutsche Minderheit in der Zweiten Polnischen Republik. Seit 2008 ist Ingo Eser Lehrbeauftragter, seit 2011 Wissenschaftlicher Mitarbeiter an der Abteilung für Osteuropäische Geschichte in Köln.