Jan Caeyers studierte Orchesterleitung an der Musikhochschule Wien. Er unterrichtete Musikanalyse an der Universität Leuven. Von 1994-97 war er Assistent von Claudio Abbado beim Gustav Mahler Jugend Orchester in Wien, wo er auch eng mit Haitink und Boulez zusammenarbeitete. 1996 dirigierte er die Eröffnungstournee des Gustav Mahler Chamber Orchestra in Österreich, Deutschland und Italien. Caeyers war viele Jahre der künstlerische Leiter der Beethoven Academie und hat mit diesem Orchester regelmäßig Konzerte in deSingel in Antwerpen, in Löwen, Brüssel und im Rahmen des Flandernfestivals gegeben. Zudem konzertierte er im Concertgebouw in Amsterdam, im Musikverein und Konzerthaus in Wien, im Mozarteum Salzburg, in der Cité de la Musique in Paris und im Teatro Real in Madrid. Heute ist Caeyers Professor an der Universität Löwen und seit 2010 Leiter des Orchesters Le Concert Olympique.